Jetzt hab ich es verstanden und du fürs erste deine Ruhe. Sorry, dass ich so lange gebraucht habe, aber ich hatte halt echt schiss, dass ich es nur verschlimmbessere wenn ich mir nicht ganz sicher bin. 
Grafikkarte für APU-System Dual-Graphics?
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Neuer Zwischenstand zum Problemfall ?
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Hast Du mit installierter Grafikkarte mal probiert den Monitor an den Mainboard-Anschlüssen anzuschließen?
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Das erklärt viel...
Wie hast Du gedacht, dass das funktioniert? Über den Steckplatz können nur Daten vom Prozessor zur Grafikkarte (und umgekehrt) geschickt werden - aber keine Bilder.Sobald die Grafikkarte im PC steckt, werden nur über diese die Bilder ausgegeben. AMD bietet (sofern auch eine AMD-Grafikkarte verbaut ist) auch z.T. die Möglichkeit beide gleichzeitig zu nutzen.
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Nicht jede Grafikkarte steuert im BIOS beide Displays an, einige nur den primären. Ich hatte mit DisplayPort sonst nur bei 4K-Displays Probleme, dass einige Kabel die Datenraten nicht mitgemacht haben.
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Nein, da gibt es im BIOS auch nichts einzustellen. Es ist einfach so, dass nicht jede Grafikkarte das BIOS auf mehrere Bildschirme spiegelt - Punkt, Ende aus die Maus
Jetzt mal die Festplatte anschließen und gucken was Linux sagt.
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Ja wie gesagt, beim Thema Linux kann ich Dir nicht mehr helfen - da habe ich einfach 0 Erfahrung was alles abseits des CLI angeht und auch mit Treibern nichts zu tun gehabt.