So weit ich das vor etlichen Jahren auf der Photokina sehen konnte, war die H3D nicht wirklich eine Mittelformat-Kamera. Aber ich lasse mich da gerne korrigieren.
An deiner Stelle würde ich die Nikon nehmen, denn um sich da ein neues Objektiv anzuschaffen musst du nicht dein Auto verkaufen. Die Nikon macht hervorragende Bilder. Und der fehlende AAF sollte eigentlich eher die Details von Motiven noch mehr zum Vorschein bringen. Eigentlich eine gute Sache, denn ein AAF würde ich fast schon als "Weichzeichner" bezeichnen, der eintreffendes Licht bricht, bevor es auf den Sensor trifft. "Früher" entstanden sehr schnell Moires-Effekte wenn kein AAF vorhanden war und das Motiv ähnlich gezeichnet war wie der Sensor, aber bei den heutigen, deutlich feiner strukturierten Sensoren spielt das eigentlich keine Rolle mehr.
Besser kann ich es dir leider nicht erklären. Kameras, oder speziell Sensoren, sind nicht so mein Gebiet auf Arbeit. Es darf gerne korrigiert werden. 
Also ein grösserer Sensor bringt nicht immer viel, viel mehr Details, aber der Bildlook wird einfach anders, finde ich. Über genauere Detailverbesserung kann ich mich aber nicht aussprechen. Da müssen sich andere hier melden. Ich bin nur der Objektiv-Typ bei uns auf Arbeit. Ich bin froh wenn meine 80D funktioniert und fertig. 
Nun ja, die Nikon D810 hat einen 36 Megapixel Sensor. Wenn du da noch ein scharfes Objektiv vorne dran machst, kannst du detailreiche Ausdrücke für 'ne halbe Hauswand ausdrucken, wenn du willst. 
Außerdem will ich keine 6.000 EUR ausgeben und dann in 1 Jahr wieder was neues brauchen.
Neue Informationen ..
Du hast also schon Nikon. Dann würde ich dabei bleiben. Das (beinahe) Mittelformat ist nun auch keine grosse Änderung. Mir wäre es keine EUR 6'000 extra wert, Plus noch Objektive und weiss nicht was. Und ich bin mir nicht mal sicher, ob die steinalten Hasselblad überhaupt so etwas wie einen zuverlässigen AF haben oder allgemein eine gescheite Bildqualität.
Hast du dir schon einmal die Megapixel-Monster von Canon angeschaut? Das wäre vielleicht eine bessere Investition, da ausgeglichener und üppiger Objektivpark und tolle Menüführung sowie mehr als genug Zubehör auf dem Markt..
Eine Frage: wie wäre es mit einer Nikon d810 jetzt und wenn die Nikon d850 verfügbar ist als 2. Kamera. Die d850 soll ja echt der Hammer sein, von allem was man jetzt ließt.
Könntest du vllt uns Mal mitteilen welche Objektive du hast, ob bewerten zu können ob die ausreichen oder du einen kompletten neuen Satz brauchst. Wenn es nur ein Objektiv ist ( welches die Auflösung nicht mehr schafft), wäre es finanziell ja besser bei Nikon zu bleiben, außerdem dürftest du von der Menü Führung vertrauter sein als mit Canon.
Das Problem, das ich beim Wechsel auf Mittelformat sehe: Die Objektiv-Preise brechen dir "hintenrum" das Genick. Ich meine selbst gebraucht ist eine H4D teurer als die meisten Vollformat-DSLRs im neuen Zustand. Bei deinem Budget kannst Du eigentlich auch zur neuen Nikon D850 mit 45 MP greifen.
